وعمل الأمير علي في الحرس الملكي الأردني في الفترة ما بين 1999 و2008، قبل أن يتولى مهمة تشكيل وتأسيس المجلس الوطني للأمن وإدارة الأزمات، كما أنه تسلم أكثر من مرة منصب نائب الملك خلال سفر الملك.
فمملكته مجزأةوسمعة عائلته قد تأثرت إلى حد بعيد والأسوأ من هذا كله أن الملك قد وسع فتوحاته في بنجاح ولم يحل حتى كان نصف البلاد قد غدا في قبضته القوية وأخذ الملك علي بن الحسين بعد أن تسلم الملك من أبيه يدافع عن الأجزاء الباقية من مملكته بكآبة ولكن ببسالة فقواته ما زالت تحتفظ بالمدينة وينبع والوجه وحافظت القبائل المقيمة حول هذه المدن لوقوعها في مدى نيران المدفعية الشريفية على ولائها للملك علي بن الحسين.
لنرحم انفسنا قليلا ولنستيقظ ولا نشتري الدنيا ونبيع الاخره ان كنتم مؤمنين.
عُين قائداً لمجموعة الأمن الخاص للملك في الحرس الملكي عام 1999، وخدم في هذا المنصب حتى 28 يناير 2008، إلى أن أوكل له الملك عبد الله الثاني مهمة تأسيس وإدارة المركز الوطني للأمن وإدارة الأزمات.